Comme le Parc Animalier et l’École de la Nature de  Branféré ne sont pas raccordés à l’assainissement collectif, un système de lagunage a été mis en place en 2004. Toutes les eaux usées sont traitées par ce système, y compris celles du restaurant, des installations sanitaires et même de certains enclos des animaux. En raison de la taille du parc et de l’école, il existe toutefois d’autres bassins dans lesquels la purification de l’eau est souvent assurée par des plantes. Le lagunage se compose de plusieurs bassins et, au début de l’installation, d’un dégrillage pour récupérer les « gros résidus » . Le système fonctionne sans aucune énergie. Les micro-organismes se chargent de purifier l’eau. Quatre analyses sont effectuées chaque année afin de contrôler et garantir la qualité de l’eau. Une fois purifiée, l’eau s’écoule dans une zone humide où poussent des plantes purificatrices qui assurent un nettoyage supplémentaire.